Sistem Penjaminan Mutu merupakan sebuah kewajiban yang harus ada dan dijalankan dalam manajemen universitas sebagaimana digariskan dalam Bab III: Penjaminan Mutu, Pasal 51-57, UU RI No. 12 Tahun 2012 Tentang Pendidikan Tinggi dan Permenristekdikti No. 62 Tahun 2016. USU memiliki Sistem Penjaminan Mutu Internal (SPMI)  yang sudah berjalan sejak tahun 2007 hingga 2018 dengan sistem P-D-C-A (Plan, Do, Check, Action), dan sejak tahun 2019  hingga kini yang menerapkan sistem PPEPP (Penetapan, Pelaksanaan, Evaluasi, Pengendalian dan Peningkatan). SPMI USU memiliki 9 kriteria mutu yang dijabarkan dalam 100 butir mutu yang menjadi tolok ukur implementasi SPMI di lingkungan USU. SPMI USU telah mengimplementasikan dokumen Kebijakan, Standar, Manual dan Formulir yang disesuaikan dengan Permenristekdikti No. 62 Tahun 2016 menjadi dokumen SPMI dari 183 unit GJM/GKM Akademik dan 40 unit GJM/GKM Non Akademik.

Menjelang pelaksanaan Audit Mutu Internal (AMI) setiap tahunnya Unit Manajemen Mutu (UMM) USU melaksanakan kegiatan pelatihan sertifikasi internal auditor Sistem Penjaminan Mutu Internal (SPMI) USU. Kegiatan ini bertujuan agar pelaksanaan AMI berjalan secara efektif dengan dukungan tenaga auditor internal yang terlatih dan tersertifikasi. Diharapkan nantinya agar GJM dan GKM yang terpilih sebagai auditor berjumlah cukup dan berkompeten, mengingat pentingnya program SPMI USU setiap tahunnya yang semakin mendalam, dan memerlukan kompetensi untuk menghadapi perkembangan yang terus berlanjut.

Demi terlaksananya AMI, seorang auditor dibekali beberapa pemahaman dan pengetahuan seperti yang diuraikan di bawah ini:

1. Kebijakan dan perencanaan unsur evaluasi pada Audit Mutu Internal tiap siklus.
2. Tatalaksana Audit Mutu Internal yang terdiri dari: audit sistem/dokumen, audit kesesuaian, dan laporan akhir AMI serta Rapat Pengendalian dan Rencana Tindaklajut RP/RTL setiap unit.
3. Teknik audit mutu yang disinkronkan dengan hasil monev diagnostik dan monev formatif.
4. Penyamaan persepsi dan etika pelaksanaan audit kesesuaian dalam tiap siklusnya.
5. Pemahaman terhadap dukungan sistem informasi terhadap pelaksanaan SPMI.